Pierwszy kościół na tym miejscu mógł stać w końcu X w. W 1239 do parafii należały także okoliczne wsie. Wezwanie św. Katarzyny, patronki miasta, jest znane od 1263 r. Tutejsi proboszczowie byli kanclerzami gdańskich książąt.
Obecną świątynię zaczęto budować w roku 1379, konsekrowano w 1432, później dodano boczne kaplice. Po 1454 r. powiększono prezbiterium. Zaczętą ok. 1450 r. wieżę podwyższono w 1486 r. Ok. 1500 r. powstały piękne szczyty prezbiterium i bogate sklepienia. W 1634 r. wieża otrzymała wspaniały hełm, dzieło Jakuba van den Blocka (obecnie zrekonstruowany). Od 1738 r. rozbrzmiewał z niej karylion, złożony z 35 dzwonów. Odtworzony po pożarze w 1905 r. miał 37 dzwonów. Obecny, z r. 1987, później rozbudowany, liczy 50 dzwonów. Kościół miał niegdyś 10 kaplic i 18 ołtarzy.
Po reformacji powstał nowy wystrój. Z cennego wyposażenia przetrwało ostatnią wojnę około połowy – część dotąd pozostaje w muzeach. W prezbiterium zestawiono w dawnym układzie obrazy głównego ołtarza, w tym słynne Ukrzyżowanie na tle Gdańska z 1611 r. – ostatnie dzieło Antoniego Möllera. Wklęsłe płótno pod emporą małych organów przedstawia Wjazd Chrystusa do Jerozolimy Bartłomieja Miltwitza (1654). Odnowy wymaga intarsjowane baptysterium Mateusza z Braniewa (1585). Ściany prezbiterium zdobią epitafia Jakuba Schmidta z Sądem Ostatecznym (1595), Chrystiana Henninga (1636), Jana Mochingera (1663), Jana Heweliusza (1780, na filarze nad jego grobem) i in. Przy wejściu do prezbiterium stoi piękny ołtarz cechu rzeźników z pocz. XVI w. z Koronacją Maryi (skrzydła zewnętrzne oraz starszy ołtarz Boga Ojca są czasowo w muzeum). Nastrojowa grupa Ukrzyżowania z tego samego czasu jest dziełem Mistrza Pawła. (Opis stanu przed pożarem w r. 2006. Uratowane wyposażenie wnętrza jest chwilowo poza kościołem). W odnowionej kazalnicy z 1638 r. brak jeszcze wieńczących figur. Z wielkich organów z 1607 r. nad kruchtą boczną i małych z 1644 r. w prezbiterium prawie w całości zachowały się prospekty.
Wśród odkrytych po wojnie malowideł ściennych zwraca uwagę Męczeństwo św. Stanisława przy przejściu do kaplicy podwieżowej. Gospodarzami kościoła są dziś o.o. karmelici, którzy przenieśli tu m.in. słynący cudami obraz NMP Bołszowieckiej i wizerunek Matki Boskiej Szkaplerznej z Trembowli (na Kresach).
Obecnie najważniejsze jest zdobycie środków na odbudowę kościoła po ostatnim pożarze i pełne przywrócenie dawnej świetności, w czym pomóc możemy wszyscy (nr konta PL 88 1160 2202 0000 0000 7530 0999).
Andrzej Januszajtis