Kamień węgielny pod obecną świątynię położono 28 marca 1343 r. Ukończona w ciągu 20 lat bazylika okazała się za mała dla miasta. W 1379 r. zaczęto budowę prezbiterium i transeptu jako kościoła halowego (wszystkie nawy równej wysokości), z wciągniętymi do środka przyporami. Prace zakończyły się wzniesieniem szczytów (1440-1446). Po uwolnieniu spod władzy Krzyżaków podwyższono wieżę (1466) i przebudowano korpus na halowy (1484-1498). Położenie sklepień (do 1502 r.) zakończyło budowę największej ceglanej świątyni świata. Wypełniło ją wspaniałe wyposażenie z 47 ołtarzami. Po reformacji, mimo przejęcia przez protestantów nie niszczono ich, bo kościół stał pod patronatem polskich królów. Przez cały czas na Plebanii urzędował katolicki proboszcz.
Rok 1945 przyniósł poważne zniszczenie. Odbudowa była ogromnym przedsięwzięciem. Z 21 zachowanych ołtarzy wróciło 13, reszta jest rozproszona po muzeach w Warszawie, Gdańsku i Berlinie. Część słynnego zbioru średniowiecznych szat kościelnych wywieziono do Niemiec. Dwa dzwony, których nie zdążono przetopić w czasie wojny, do tej pory są w Niemczech.
Wielką wartość mają ołtarze: główny (z Koronacją Maryi), św. Adriana, św. Barbary, św. Mikołaja, św. Doroty, itd. Najstarszy ołtarz św. Elżbiety (ok. 1400) jest do dziś w muzeum, podobnie jak najsłynniejszy obiekt kościoła – tryptyk z Sądem Ostatecznym Memlinga.
Przywrócony do funkcjonowania zegar astronomiczny Hansa Düringera z 1470 r. był niegdyś największy na świecie (dziś drugi). Na Tablicy Dziesięciorga Przykazań (1485) można obejrzeć zarówno cnotliwych jak i grzeszników. Ukrzyżowanie w kaplicy 11 Tys. Dziewic (1430) jest dziełem Mistrza słynnej Pięknej Madonny (1420).
Odtworzenie zaginionej chrzcielnicy odlanej w Utrechcie (1555), umożliwi w przyszłości odlew gipsowy z czasów wojny. Ostatnio odnaleziono ponad 80 % prospektu wielkich organów z XVI-XVIII w. – niegdyś najsławniejszych nad Bałtykiem. Prospekt obecnych organów z 1629 r. pochodzi z kościoła św. Jana, podobnie jak kazalnica i chrzcielnica. Ozdobą kościoła są 32 systematycznie odnawiane epitafia. Z wysokiej na 78 m wieży roztacza się wspaniały widok.
Andrzej Januszajtis